Chemical Markup Language (CML)
Chemical Markup Language (CML) to format zapisu informacji o związkach chemicznych i ich reakcjach, oparty na składni XML. Został stworzony przez Petera Murray-Rusta i Henry’ego Rzepę, a jego rozwój jest kontynuowany na platformie Sourceforge.
Tradycyjne formaty zapisu informacji chemicznych są często niezgodne z sobą. CML oferuje jednolity sposób na zapisywanie tych danych, co pozwala na ich łatwą wymianę oraz wykorzystanie w różnych programach. Dzięki zgodności z XML, CML można łatwo integrować z innymi dokumentami XML, takimi jak XHTML, co ułatwia umieszczanie ich na stronach internetowych.
Zakres informacji zawartych w CML
Język CML umożliwia zapisywanie następujących informacji:
- Struktura chemiczna związków chemicznych, w tym szczegółowe dane o położeniu atomów, co pozwala na budowę modeli 3D.
- Przebiegi i mechanizmy reakcji chemicznych.
- Dane analityczne dotyczące związków chemicznych, takie jak widma spektroskopowe czy dane fizykochemiczne.
Oprogramowanie wspierające CML
CML, będąc otwartym formatem, jest szeroko adoptowany w aplikacjach zarówno komercyjnych, jak i opartych na wolnych licencjach. Do najpopularniejszych narzędzi wspierających CML należą:
- Jumbo – biblioteka programów w Javie wspierających specyfikację CML.
- Jmol – aplet Javy do wizualizacji struktur chemicznych zapisanych w CML.
- JChemPaint – edytor struktur chemicznych umożliwiający zapis w formacie CML.
- XDrawChem – edytor o podobnych funkcjach do JChemPaint.
- CML2SVG – program przekształcający zapisy struktur chemicznych na format SVG.
Linki zewnętrzne
Kategoria: Informatyka chemiczna, Aplikacje XML, Języki znaczników
